Seti là con trai pharaon Merneptah và hoàng hậu Isetnofret II. Amenmesse là con của một hoàng hậu tên là Takhat. Tuy nhiên người ta vẫn chưa rõ bà có phải là vợ của Merneptah hay không. Một danh sách các công chúa hoàng gia vào năm thứ 53 của Ramesses II có đề cập đến một người là Takhat. Nếu người này chính là hoàng hậu Takhat, thì bà sẽ bằng tuổi hoặc trẻ hơn cả Seti, và Amenmesse sẽ là em khác mẹ của Seti. Một số thuyết cho rằng, Takhat là một người vợ thứ của Seti.

Nữ hoàng Twosret được cho là chính cung của ông. Bà là người nhiếp chính cho vị vua trẻ tuổi Siptah, tuy nhiên đó không phải là con ruột của bà. Mẹ của Siptah là một tỳ thiếp, và cha đẻ của vị vua này vẫn không rõ. Nhiều người vẫn cho rằng cha của Siptah là Amenmesse chứ không phải là Merneptah hay Seti II. Seti cũng có một thứ thiếp tên là Tiaa, người trước đây từng được cho là mẹ của Siptah.

Vào đầu năm 1908, nhà Ai Cập học Edward Ayrton trong một lần khai quật đã phát hiện ra hầm mộ KV56 chứa đầy những trang sức bằng vàng, trong đó có một vài món đồ khắc tên của Seti II. Ngôi mộ này được cho là thuộc về một người con gái của ông và nữ hoàng Twosret; nhưng số khác lại nghĩ rằng kho báu này thuộc riêng về một mình Twosret.